打开ADFinput，切换到ReaxFF模块：

1. 菜单栏点击Edit > Builder，设置Cell的尺寸（如下图所示则为30*30*30立方埃的一个立方盒子，当然尺寸可以根据自己的需要随意修改，但修改的时候要注意这影响着浓度、密度，更详细的说明，可以参考如何确定ReaxFF模拟所用到的Cell的尺寸）

1. 在盒子中，放入分子：点击图中所示的加号两次，这样可以导入两种分子。如果需要导入其他分子，多点几次加号就可以了。

1. 如下图所示，在两个框中直接输入H₂和F₂，软件会自动搜到库中这两种分子结构，分别选择即可（注意，默认是100个分子，这个数字可以根据我们自己的需要任意修改）：

点击“Generate Molecules”，这样上面设置的两种分子就会产生到左边的窗口，如下图所示：

补充说明：

如果输入的分子式，软件自带的库里面没有，那么就需要自己创建*.xyz文件，创建分子建模的操作，参考：AMS软件建模教程；创建完毕之后，在ADFinput窗口点击菜单栏File > Export Coordinates，如此将该分子结构保存成某个名字为*.xyz的文件。要记住保存的位置，便于后面导入分子的时候，找到这个分子的xyz文件。

导入*.xyz文件的方式：点击如下窗口所示的按钮之后，选中前面保存的*.xyz文件即可。

• Task：任务类型，分子动力学模拟的话，选择Molecular Dynamics，结构优化的话选择Energy Minimization（或Geometry Optimization，不同版本名称不太一样），另外的选项不常用
• Force Field：参考ReaxFF模拟如何选择力场
• Number of iterations：迭代步数。这个数字乘以Time Step就等于需要模拟“多长时间的化学反应”（注意，不是指软件运行的时间）。比如希望模拟100ps，就需要400万步，这个地方就要输入4000000
• Start with：这个选项的初衷，是由于分子动力学模拟，如果初始结构不是很稳定的话，就容易出现爆沸，也就会得到不合理的结果。但这个选项目前效果并不好，所以一般也不需要用
• Time Step：分子动力学的步长。这个数字一般不需要改。其物理含义是指：分子动力学并不能连续的描述原子的运动行为，它是在一个时间点计算这个原子的位置、速度、力、加速度，然后维持这个特点，让原子运动一个time step的时间长度，然后重新计算每个原子的位置、速度、力、加速度——这就是time step的含义和用途。这个值，0.25fs是很合理的，太大例如1fs，会导致失真，太小会白白增大计算耗时，而对MD精度基本没有什么提高。
• Method：选择热力学系综。参考如何理解、选择系综
• Temperature：设置温度。这个地方如果没有经验的话，务必参阅怎么理解ReaxFF模拟的反应温度高于实际反应温度
• Damping constant：这个不需要设置。修改之后对模拟效果的帮助也不系统，或者没有帮助。但其初衷是为了增大系统的随机性。
• Pressure：如果选择了NVT（Velocity Verlet +Berendsen属于NVT）系综，这个参数就不起作用；如果选择NPT系综，Temperature和Pressure都需要设置。但如果体系尺寸不大的话，压强的震荡就非常的剧烈——注意：这是符合物理事实的。
• Stress：计算力学性质时需要用到，其他情况不需要设置。
• 如果不关心动力学过程，而只关心产物的情况，那么强烈建议设置Details>Molecular Dynamics>KF Result file:50改为5000甚至更大，这表示每5000步保存一次结构，这样生成的动画帧数就会大大减少，便于movie显示，也便于作产物数量变化图。

参考正式版的安装、维护与升级

对于ReaxFF而言，结果文件中最重要的是*.rxkf，一般而言，这个文件是所有结果文件中最大的那个。具体如何查看可以参考如何查看结果。ReaxFF最重要的结果在SCM LOGO > Movie中。本例的模拟结果如下图所示：

弹出分子列表的窗口，选中关心的分子：H₂、F₂、HF（注意ReaxFF模拟会产生很多中间体，这些中间体有的可能是我们关心的，有的可能是不关心的。例如2个H2分子的距离如果过近的话，程序会将其判断为一个分子——H₄。简单的说，程序是通过原子间的距离来判断是否“成键”的）

选中之后，右边会出现选中的分子的个数变化曲线。

注意：

• “show”那一列默认是全选，也就是左边窗口中所有的原子都显示出来。如果只勾选部分的话，就只显示这些选中的分子
• 在Movie中查看图谱的时候，最好将Movie的播放暂停，否则可能有点卡
• 其他性质，用户可以在Movie窗口自己点开看看。如果不清楚，可以来信至ams@fermitech.com.cn咨询。

参考：如何从图谱中导出数据到Excel表格

其他：

• 如何检测动力学模拟过程中的基元反应、速率常数
• 如何模拟升温-保温-降温-保温等过程