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有的时候,我们希望在ReaxFF的模拟过程中,希望某些分子上带上一定的电量。这可以通过在run文件的geo部分设置相应的关键字进行指定。例如下面是一个水分子和一个SO32-的体系,我们希望SO3这四个原子总共带电-2:
cat > geo <<eor BIOGRF 200 MOLCHARGE 4 7 -2 MOLCHARGE 1 3 0 DESCRP chargeformolecules REMARK Created by ADFinput CRYSTX 10.00000 10.00000 10.00000 90.00000 90.00000 90.00000 HETATM 1 O -1.13087 0.90935 -0.15491 O 1 1 0.0 HETATM 2 H -1.06778 0.12386 -0.71599 H 1 1 0.0 HETATM 3 H -0.46757 0.93562 0.54899 H 1 1 0.0 HETATM 4 S 1.19586 -1.51753 0.46753 S 1 1 0.0 HETATM 5 O 1.05268 -0.43047 1.46261 O 1 1 0.0 HETATM 6 O 0.32616 -1.51702 -0.72999 O 1 1 0.0 HETATM 7 O 2.23479 -2.55822 0.63107 O 1 1 0.0 END eor
其中:
在geo部分,HETATM开头的每一行,最后一列增加一个数字,即电荷。同时control部分,设置icharg为6(默认值为4)。
为孤立H原子或者OH、酸根设置带电量,可以一定程度上模拟酸碱度环境的影响。