这里我们以固体表面的分子为例，演示精确旋转分子。旋转操作，需要告诉软件，旋转轴、旋转中心、旋转角度。

例如在 MoS$_2$ 表面的一个分子：

Edit → Tune Geometry…

选中 S-C 两个原子，点击底部的 “Orient⊥” 按钮，使得图中的 C-S 方向垂直于 MoS$_2$ 表面。

然后我们可以设定该 C 正下方的 S 原子为坐标原点（选中该 S 原子 Edit → Set origin），然后设定 S-C 键方向设置为 Z 轴（实际上对于本例的二维周期模型来说，没有必要设置z轴，因为此时 S-C 方向本身就已经是严格的z轴了，在非周期体系中，是需要设定z轴或其他轴，以用作转动轴的）（依次选中 S、C 这两个原子，Edit → Align → Z-axis，注意一定要确保这个方向是垂直于平面，否则二维周期性体系的周期性会存在错误，二维平面的周期性是精确沿着 XY 平面的。当然如果是非周期性体系，就没有这个问题）。

我们将这个 S 原子（即原点）设为旋转中心，Z 轴设为旋转轴：

选中要选中的分子（选中其中一个原子，然后 ctrl m 键选中整个分子），Angle 中输入旋转的角度，例如 10°：

点击右侧的黑色左按钮、右按钮，即可顺时针、逆时针旋转指定角度。用户不熟悉的时候，可以连续点击几次该旋转按钮，适应一下，即可熟悉。

该操作面板上也有精确平移操作按钮，用户可以自行探索用法。