限制性结构优化
本文使用AMS2020.101完成。
目的:在结构优化的时候,固定某些键长、键角、二面角。
操作:基本设置与普通的结构优化相同。点击窗口底部的★符号,程序计算的时候,才能自动识别点群,优化过程将保持该点群。
另外需要增加的设置如下:
进入Model - Geometry Constraints and PES Scan;
设置固定条件:
如果需要固定两个原子之间的距离(键长),则选中两个原子即可,顺序无所谓,之后点击右侧出现的“……(distance)”选项前的+,则可以固定该键长
如果需要固定键角,则需要将键角顶点原子第二个被选中,例如如果我们希望固定水分子中H-O-H键角,则首先选中H,然后选中O,然后选中H;之后点击右侧出现的“……(distance)”选项前的+,即可固定该键角
二面角与此类似,二面角转动轴上的两个原子在中间,4个原子按顺序选中,之后点击右侧出现的“……(dihedral)”选项前的+,即可固定该二面角。
“……(fix position)”选项前的+,可以固定选中的原子的坐标。例如:
保存任务后运行。
结果查看
SCM - Movie:
可以看到固定位置的原子在优化过程中,没有发生移动。