这是本文档旧的修订版!
用python统计ReaxFF轨迹中的分子个数、特定的键的数目变化
Python脚本右键另存下载并解压
该脚本只能分析AMS2023版的ReaxFF输出轨迹文件*.results/ams.rkf。
运行方式:
AMSjobs进入作业所在文件夹 → Help → Command-line → 打开命令行窗口输入sh回车(如果是Linux,本身就有命令行,直接打开命令行即可)
该脚本下载到某作业所在文件夹,与作业的*.resutls/同级
在命令行输入:amspython MoleculesTable.py test.results/ams.rkf回车。稍后将产生分子数列表窗口,可以关闭:
该脚本默认统计单、双、三键,如果需要统计芳香键,则修改脚本中:
round_type = 'integer' # round bond orders to nearest integer
#round_type = 'half_integer' # round bond orders to nearest half integer
为
#round_type = 'integer' # round bond orders to nearest integer
round_type = 'half_integer' # round bond orders to nearest half integer
注意
如果体系比较大,模拟的帧数很多,那么分析过程也会很长,有可能如下类似如下提示:
这个提示可以忽略。
如果数据量很大,那么在一张图里面体现所有的分子数量、键的数量,就不太可能了。可以修改脚本中nplots = 的值更大,这样将会在多张图中显示这些曲线,这个值即图的数量。
最终会分别生成分子数量的*.txt文件与化学键数量的*.txt文件,用户也可以从这两个文件中的数据,自行作图。