ReaxFF的Movie,原子超出边界,本身是不影响结果的可靠性,因为Cell是周期性的,超出边界,实际上等价于边界的反向位置进入了这些原子。如果我们希望将所有原子都显示在一个Cell内,则可以如下操作:
1)确保*.rxkf文件(如果是Linux系统下,通过脚本提交,产生的movie文件后缀为kf,可以将其下载到本地,改名为*.rxkf)的文件名和*.adf的文件名一致,这样文件之间的关联,会让图形界面之间也自动关联起来。
2)在Movie中打开ReaxFF,使用暂停、拖动进度条等工具,将感兴趣的那一帧找到。
3)将该帧通过“File”——“Update geometry in input”的方式,将这一帧更新到adfinput里面显示,然后在ADFinput里面,使用:
这样,将该帧的原子规范到同一个Cell内显示。