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分子动力学:ReaxFF & 机器学习势
adf:reaxams
分子动力学:ReaxFF & 机器学习势
AMS-ReaxFF包含哪些力场
ReaxFF在线英文手册
ReaxFF2002版原始英文手册
用ParAMS优化、训练ReaxFF力场
用ParAMS训练机器学习势
ReaxFF常见问题及解决方式[目录]
ReaxFF模拟的生成文件
ReaxFF力场参数的含义是什么?
没有相应力场怎么办?
ReaxFF模拟的一些经验(更新中,欢迎贡献知识)
因为ReaxFF几乎所有功能,都适用于机器学习势
,因此两个模块的教程合并在同一个页面内。当然机器学习势也有一些独特的功能,参考:
分子动力学:经典力场 & 机器学习势
功能教程
【入门基础教程】晶体与表面计算的一些基础知识
【入门基础教程】NVT、NPT、NVE系综的设置
【入门基础教程】分子动力学模拟准备:弛豫
势能面扫描
分子动力学中固定键长、键角的Shake用法
【入门基础教程】燃烧:甲烷燃烧过程模拟、基元反应分析、反应速率常数计算、键级
Molecule Sink:反应过程中清除指定产物
ReaxFF-Molecule Gun:模拟Ge(001)上的氧化铝薄膜CVD形成
ReaxFF-Molecule Gun:模拟电子入射
NEB:搜索过渡态
聚合反应交联率:聚合反应的模拟与交联率的计算
GCMC:巨正则系综蒙特卡洛模拟
RDF:分析径向分布函数
通过径向函数描述扩散均匀程度
温度分区:对不同分区设置不同温度
温度分布函数:计算沿着Cell某个轴向的温度分布函数
热导率方法1:T-NEMD方法结合温度分布
热导率方法2:T-NEMD方法结合传热功率统计
通过速度自相关函数或均方位移MSD,得到分析分子、原子的扩散系数
非周期性自由能的计算
表面吸附:模拟吸附过程、统计吸附产物
eReaxFF-锂离子电池中碳酸乙烯酯(EC)分解的模拟
粘度:通过自相关函数与Green-Kubo公式计算粘度
ReaxFF-弹性墙壁:添加外电场、弹性墙壁
应力张量的计算
在一定应力下的结构优化
库埃特流动(Couette flow)的分子动力学模拟
流动的分子动力学模拟
AMS基于分子动力学计算摩擦系数
AMS软件图像处理:线性回归拟合曲线斜率
切割过程/恒定速度冲击过程模拟:对特定区域原子施加速度/力/加速度
分子动力学模拟拉伸过程应力-应变曲线、断裂点
分子动力学的Replay:采用其他计算引擎、力场,复现轨迹、对比能量
重力场下的分子动力学
气液界面的模拟
ReaxFF:禁止 MD 过程中的反应发生
反应加速
REMD:加速分子动力学模拟中反应发生
Bond Boost:加速分子动力学模拟中新键形成
fbMC:加速分子动力学模拟中反应发生
CVHD:加速分子动力学模拟中的裂解反应发生
纳米球形反应器:加速低温均相反应
Targeted MD:强制反应
案例
聚合物杨氏模量、屈服点、泊松比计算
使用ReaxFF中巨正则蒙特卡洛(GCMC)方法模拟锂硫电池锂化放电过程的电压特性
使用ReaxFF中巨正则蒙特卡洛(GCMC)方法模拟锂硫电池锂化放电过程的电压特性(视频)
Li-S中Li离子的扩散系数:MSD法、VACF法,以及结合尔伦尼乌斯公式将扩散系数外推到低温
使用分子动力学计算离子电导率
热固性聚合物的玻璃化转变温度
热固性聚合物的热膨胀系数
ReaxFF模拟煤的热解
基于ReaxFF的团簇的生长模拟
AMS软件:自动探索表面吸附位点
AMS软件:自动探索表面化学反应机理案例-氧化物表面的水离解
AMS软件:根据反应物、产物的分子结构,筛选反应通道
基于 GCMC 预测吸附等温线:CO$_2$ 在 IRMOF-1 中的吸附
建模
【入门基础教程】创建固体表面,并均匀加入其它气体、液体分子
【入门基础教程】创建均匀混合物
【入门基础教程】创建高密度大分子固体、分子动力学压缩与拉伸
【入门基础教程】更美观的晶胞显示方式
Python
用python统计ReaxFF轨迹中的分子个数、键、氢键、环的数目变化
键级
AMSInput与Movie中的键级区别
adf/reaxams.txt
· 最后更改: 2024/09/26 08:39 由
liu.jun
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