在SCM - View 或者AMSinput窗口，均可修改原子大小的显示，操作方式如下：

菜单栏 - Atoms - Details (Color, Radius, Mass,…)，或菜单栏 - View - Details (Color, Radius, Mass,…)，弹出细节设置窗口：

左边窗口选中所有要修改的原子，例如本例中，选中了Na原子，右边就可以修改原子的显示半径（这里将1.66修改为了1.16），如果需要修改颜色，也可以在最后一列修改颜色。此时，只有这一个原子的半径值/颜色被修改了，鼠标右键点击改好的半径值或“改好的颜色”，会弹出一个对话框：

点“是”，则所有刚刚选中的原子的半径值/颜色，将全部替换为刚刚修改的值。

SCM → Preference → Options → Atoms and Bonds：

这个功能在以前的版本里面存在bug，直到2024版才修复。

SCM → Preference → Color下拉菜单可以修改原子的颜色、键的颜色。