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adf:pythonforvisositybuilder

Python 堆叠建模

PYR14 = from_smiles("CCCC[N+]1(CCCC1)C")
TFSI = from_smiles("C(F)(F)(F)S(=O)(=O)[N-]S(=O)(=O)C(F)(F)F")
 
box = appleandp_packmol(
    molecules=[PYR14, TFSI],
    n_molecules=[30, 30],
    density=0.5,
    region_names=["cation", "anion"],
    forcefield_file=forcefield_file
)

注意:

  1. 特殊函数appleandp_packmol是packmol和 APPLE&P 原子类型(生成名为PYR14_TFSI.ff的力场文件)的组合,用于用一组给定的分子填充模拟框。
  2. 提供的密度以g/cm$^3$为单位。
adf/pythonforvisositybuilder.txt · 最后更改: 2023/11/18 13:11 由 liu.jun

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