这是本文档旧的修订版!
如何计算分子的静电势
任何一个单点计算,均能自动得到等静电势面。我们以水分子为例,用三种方式来演示静电势面。以下操作均在View窗口。并且都设置了图像的透明度为50%。设置方法参考:如何设置View中各种空间分布图的透明度
AMSView中,静电势的单位是原子单位:1 a.u. = 2.721138505(60)x 101 V
以下操作均在View窗口。并且都设置了图像的透明度为50%。设置方法参考:如何设置View中各种空间分布图的透明度
静电势的等值面
静电势的等值面,顾名思义,整个曲面上的静电势的值是相等的。也就是我们设置的数值。点击Add > Isosurface。将最前面的框勾选,表示显示该函数。Select Field选择Potential > Coulomb Potential SCF。输入数值,例如-0.03,即看到静电势为-0.03的等值面。如下图:
注意:
静电势等高线
点击Add > Cutplane: contours,Select Field选择Potential > Coulomb Potential SCF。
可以选中三个原子(两个也可以),并点击“with atoms”,从而使得等高线是在三个原子确定的一个平面上
可以勾选“Position plan”拖动、转动随之产生的方框来移动等高线的位置和方向
设置关心的库伦势的范围,例如本例中,希望显示库伦势为-0.67到0.67范围(起始值不一样,可以看到等高线分布的区域也不一样,这样可以观察范围来调整关心的等高线数值范围)的等高线,等高线的条数,这里设置为15条
勾选bar,将颜色与数值对照起来
图中一对像“翅膀”一样的图样,表示孤对电子,可以在Show details里面去掉Ellipsoid即可去掉。
如下图所示:
如果静电势的范围设置的更大一些,例如-1.0到0.1,那么离原子核比较近的区域,就没有等高线存在了,因为那些区域静电势都很低,离原子核越近越低。
等电子密度面上显示静电势的分布
这是为了显示在电子密度等值面上,通过颜色来标记在该等值面上,静电势的分布情况。
第一个Select Field选择Density > Density SCF,后面的数值是电子密度等值面的数值,例如当前的曲面是电子密度为0.03的等值面
第二个Select Field选择potential > Coulomb Potential SCF,表示在电子密度为0.03的曲面上显示该曲面的静电势
勾选最后面的bar,显示颜色条
这里不需要设置静电势的范围,因为曲面已经选定好了,静电势的范围就是确定的了
如下图所示:
当然,事实上第一个等值面也可以是其他函数的等值面。