• 每个集群脚本完全不同，以下范例仅供参考，请勿照抄。应该首先拿到自己集群的脚本，在该脚本基础上，参考下文进行修改，而非反过来。
• 如果是在集群进行EDA、NOCV碎片分析功能的计算，请务必注意阅读此条（点击）

将本地的*run文件上传到集群（如果是使用SSH Secure Shell，可以在Edit-Setting-File Transfer中ASCII extension中将某个不常用的后缀，例如html改为run，可以避免Windows/Linux文件格式不兼容的问题。），同时从管理员得到标准的pbs脚本或lsf脚本，在理解含义的前提下，类似如下地修改： LSF脚本范本：

#!/bin/sh
APP_NAME=intelg_small
NP=16
NP_PER_NODE=4
RUN="RAW"
source /home-gg/users/nscc1143/ADF/ams2020.101/amsbashrc.sh
export OMP_NUM_THREADS=1   ！如果是ReaxFF作业建议增加这一行
 
JOBNAME=
 
dos2*unix ./${JOBNAME}.run
chmod 700 ./${JOBNAME}.run
mkdir ${JOBNAME}
mv ./${JOBNAME}.run ${JOBNAME}
cd ${JOBNAME}
mkdir /tmp/${JOBNAME}
export SCM_TMPDIR=/tmp/${JOBNAME}
./${JOBNAME}.run >${JOBNAME}.out
rm -rf $SCM_TMPDIR
mv ams.results ${JOBNAME}.results 
mv logfile ${JOBNAME}.logfile
mv * ../
cd ..
rm -rf ${JOBNAME}

用户将该脚本和run文件与脚本文件放到同一个文件夹内，并在上述脚本文件中

JOBNAME=

填写上具体的名字即可提交，例如上传的文件是123.run，则JOBNAME=123。

AMSJobs → Queue → New → LSF即可设置。参考：

• 服务器/集群使用LSF队列系统

#!/bin/bash
#PBS -N cc 
#PBS -l nodes=1:ppn=20
#PBS -q long
#PBS -j oe
#PBS -l walltime=168:00:00
NPROCS=`wc -l < $PBS_NODEFILE`
cd $PBS_O_WORKDIR
source /home-gg/users/nscc1143/ADF/ams2020.101/amsbashrc.sh
export OMP_NUM_THREADS=1  ！如果是ReaxFF作业建议增加这一行
 
JOBNAME=
 
dos2*unix ./${JOBNAME}.run
chmod 700 ./${JOBNAME}.run
mkdir ${JOBNAME}
mv ./${JOBNAME}.run ${JOBNAME}
cd ${JOBNAME}
mkdir /tmp/${JOBNAME}
export SCM_TMPDIR=/tmp/${JOBNAME}
./${JOBNAME}.run >${JOBNAME}.out
rm -rf $SCM_TMPDIR
mv ams.results ${JOBNAME}.results 
mv logfile ${JOBNAME}.logfile
mv * ../
cd ..
rm -rf ${JOBNAME}

用户将该脚本和run文件与脚本文件放到同一个文件夹内，并在上述脚本文件中

JOBNAME=

填写上具体的名字即可提交，例如上传的文件是123.run，则JOBNAME=123。

如果是进行片度分析，那么参考：Linux系统中，片段分析如何使用run文件提交任务

在登录节点或管理节点打开AMSJobs → Queue → New → PBS，上面脚本内容，对应的设置参考：

• 服务器/集群使用PBS队列系统

AMS的Linux版，有IntelMPI和OpenMPI两个版本，建议使用IntelMPI版，且使用AMS自带MPI。 提交作业一般采用如下命令：

yhbatch -p A -N B -n C ./*.run

其中

1. yhbatch为提交作业命令，不同集群该命令不一样，请咨询管理员或参考其他软件提交时采用的命令，例如有的集群用sbatch
2. A为队列名，是计算中心管理员为您提供的，一般为一串字母
3. B本次计算使用几个节点
4. C本次使用多少核

例如yhbatch -p PKU -N 2 -n 8 ./CH4.run，表示用户的队列名为PKU，本次计算使用2个节点共8核，任务的run文件在当前目录，为CH4.run

• 如果提交作业无法并行计算，只能单线程计算，可以将ams202*.*/bin/start中这一行，

  if test "$slurmver" != "" -a "$slurmver" -ge 15 ; then

  的ge改为le，然后重新提交测试。

• 旧版有可能需要修改程序（详见链接）

配置Queue，参考：

• 服务器/集群使用Slurm队列系统

如果运行有问题，可以咨询ams@fermitech.com.cn。