这种报错的原因有：

1. 整体作业与碎片作业原子坐标不同。
2. 整体作业与碎片作业原子顺序不同。
3. 体系接近对称时，系统自动将其对称化，导致主任务坐标与片段坐标不一致。这个原因的解决办法是：Details → Symmetry → Symmetry tolerance：1e-10

前面两种情况，大多数是由于用户编辑了碎片体系，例如删改移动了碎片原子。碎片输入文件，尤其是坐标，应由主任务生成，生成后不可改动。