该功能不局限于二聚体。实际上N(N>2)体形成彼此间相互作用,计算、分析过程是一样的。本文以平面结构的碱基对为例:
两个分子形成了两个氢键,那么两个氢键,哪个氢键的轨道作用强呢?各自多大呢?可以通过ETS-NOCV得到定量的数值。
将两个分子分为两个Region(如何分区,参考费米维基:如何创建分区):
并设置参数:
ADF2017去掉了上图中Fragment Analysis这个选项,实际上这个选项的作用仅仅是自动勾选ADFinput > Multilevel > Fragment > Use fragment而已,因此此处勾选Single Point,手动勾选ADFinput > Multilevel > Fragment > Use fragment也一样。
其中NOCV的设置,选择Close-shell,因为这里两个分子都是闭壳层,alpha电子和beta电子的行为是一样的。如果其中有一个片段是开壳层,就一定要选择open-shell了,将分别分析α电子、β电子的轨道相互作用。
File > Save as保存任务,保存的时候,会生成三个任务,其中两个是单独计算两个片段孤立存在于真空的情况,第三个是计算两个片段放置在一起的情况。本例下载的文件中,任务名分别为02NOCV.A、02NOCV.T和02NOCV。在Jobs窗口选中02NOCV一行,点击Job > Run,则自动依次计算三个任务。或者在02NOCV的ADFinput窗口直接File > run也可以。如果是提交到集群计算,就要参考费米维基:Linux系统中,片段分析如何使用run文件提交任务
在Out窗口,Properties > Bonding Energy Decomposition,可以看到:
Total Bonding Energy: -0.032273260024145 -0.8782 -20.25 -84.73
也就是两个氢键总的键能为:
-0.032273260024145 Hatree = -0.8782 eV = -20.25 kcal/mol = -84.73 kJ/mol
也可以看到里面列出了其中轨道相互作用能:
Total Orbital Interactions: -0.035322532931233 -0.9612 -22.17 -92.74
那么两个氢键,每一组的轨道相互作用能分别是多少呢?轨道相互作用分别是谁贡献出来的呢?
我们看ETS-NOCV的结果。在Out窗口 > Properties > ETS-NOCV可以看到:
1. Eigenvalue pairs from diagonalization of DeltaP expressed in Lowdin: 1 -0.27662 389 0.27662 2 -0.16882 388 0.16882 3 -0.09052 387 0.09052 4 -0.08262 386 0.08262 5 -0.05873 385 0.05873 2. Orbital Interaction Energy Contributions from each NOCV pair (in a.u.) 1 -0.01999 2 -0.00844 3 -0.00123 4 -0.00095 5 -0.00128 3. Orbital Interaction Energy Contributions from each NOCV pair (in kcal/mol) 1 -12.54703 2 -5.29874 3 -0.77077 4 -0.59640 5 -0.80408 Total sum: -22.2200497016945 (kcal/mol)
轨道相互作用贡献(Orbital Interaction Energy Contributions)列表里面,贡献最大的两组轨道相互作用,一个是-0.01999 a.u. = -12.54703 kcal/mol,另一个是-0.00844 eV = -5.29874 kcal/mol。
这两组轨道相互作用,NOCV orbital的本征值为±0.27662、±0.16882。
这些数字在上面都有。
还有类似如下数据结果:
SFO decomposition of Delta rho k (major contributions): Threshold for a NOCVs energy (in kcal/mol) is 2.00000000000000 Threshold for an individual SFO contribution is 1.000000000000000E-002 1 NOCV eigenvalues: -0.27662 0.27662, sum from all SFOs: -0.31109E-04 Corresponding Delta E k: -12.54703 (kcal/mol) 19 SFO contribution: -0.05453 220 SFO contribution: 0.03846 18 SFO contribution: -0.03629 224 SFO contribution: 0.01358 221 SFO contribution: 0.01191
表示形成该(本征值为±0.2641的)NOCV,电子在片段轨道之间,是如何转移的:
这两组轨道相互作用,具体是哪个键?我们可以在View里面去查看。
点击ADF LOGO > View > Add > Isosurface: With Phase在窗口下方点击Select Field > NOCV Orbitals,选择-0.2766这一个轨道,本征值为负的这个,表示轨道相互作用前,二者的样貌主要是关于N-H…N氢键:
并将轨道设置为透明显示(参考费米维基:如何设置View中各种空间分布图的透明度),并适当调整等值面的数值大小(本例是0.08),方便我们看清。该轨道是非局域的,其中右边碎片N的孤对电子(占据轨道)以及和左边H原子的空轨道发生相互作用,作用能就是前面的-12.54703 kcal/mol:
窗口底部的Select Field区域选择NOCV def Density,并选择本征值为-0.2766这个,即显示第一组轨道相互作用,导致的电子转移:
其中红色的区域,表示失去了电子,蓝色区域表示得到了电子,因为电子得失非常微弱,所以等值面的值需要改小才能看得见,这里改成了0.003。这个图,是文献中使用最多的图。其中红色的区域,代表这个区域失去了电子,蓝色区域值,代表这个区域得到了电子。N与N-H之间,出现了电子的富集,代表着氢键的形成。
Select Field > NOCV Orbitals,选择-0.16882这一个轨道,本征值为负的这个,表示轨道相互作用前,二者的样貌主要是关于O…H-N氢键:
可以看到是左边碎片O原子的孤对电子(占据轨道)与右边碎片分子H原子的空轨道在发生相互作用,作用能就是前面的-5.29874 kcal/mol。
窗口底部的Select Field区域选择NOCV def Density,并选择本征值为-0.15558这个,即显示第一组轨道相互作用,导致的电子转移:
其中红色的区域,代表这个区域失去了电子,蓝色区域值,代表这个区域得到了电子。N-H与O之间,出现了电子的富集,代表着氢键的形成。
从上面可以看到:
出现“Not all NOCV orbitals pair! The results might be useless”这样的提示,或者NOCV轨道正负本征值没有配对,则表示NOCV方法对这个体系分析失败了,结果无效。
AMS2018以后,在SCM LOGO > View中,可以显示SFO的空间分布情况。因此,结合该组NOCV的“SFO contribution”列表中负“contribution”的情况,可以具体看到电子从哪个SFO流到哪个SFO去了。失去电子的SFO为Donor orbital,得到电子的为Acceptor orbital。