Input窗口中，选中某个或某些原子，将其设为原点（Edit > Set Origin），然后 Edit > Crystal > Map Atoms to (-0.5,,0.5) 这样这个（/些）原子就跑到Cell的中心了。

当然，也可以选定另外一些特定的某个/某些原子设置为原点，然后 Edit > Crystal > Map Atoms to (-0.0,,1)，来调整Cell的边界，这样被设为原点的原子，将出现在Cell的顶点。