例如模型：

选择其中一层任意3个原子围成三角形，Atoms → Add dummy at center of selection:

然后在另一层大约正下方也添加一个虚原子（元素周期表Xx元素即虚原子）：

依次选中第一层中普通原子、虚原子、第二层中虚原子，讲右下角的键角调整为90°：

选中第二层3个原子以及该层的虚原子，将形成的二面角改为0°或360°，以确保虚原子确实处于该平面。

重复上面两步，确保两个角度分别为90°（注意这个角度需要换两个不同原子，均达到90°，则表示两个虚原子的方向垂直于第一层）、0或360°，之后两个虚原子的距离就是层间距，选中两个虚原子，右下角显示距离。