带电体系的分子动力学模拟
Apple&P是一个极化力场算法，可用于带电体系，如电解质（例如电池中的电荷迁移率）、离子液体类体系的分子动力学模拟。这里以离子液体 [emim]+[Ntf2]-与CO2混合物为例。
离子液体阴阳离子可以从SCM官网下载*.coskf文件库，在AMSinput中File → Import Coordinates导入对应的coskf文件，然后File → Export Coordinates导出为*.xyz文件。不过压缩包里面的离子液体，阴离子与阳离子是各自视为一个独立分子的。
注意：Apple & P目前有一定的适用范围，对不适合的体系，可能出现静电力将分子撕裂的情况。
本文参考资料：https://www.scm.com/doc/Tutorials/MolecularDynamicsAndMonteCarlo/APPLEnP.html
建模与参数设置
这里略过了弛豫或结构优化，仅仅演示分子动力学过程，用户自行弛豫或优化即可（笼统的说，弛豫即低温分子动力学模拟）。
用户可以下载[emim]+[Ntf2]-坐标文件并解压得到*.xyz文件，该坐标文件是阴阳离子对形成的整个分子，不过是否形成离子对不重要。
AMSinput → 切换到Force Field模块，Periodic改为Bulk，Type改为Apple&P:
Edit → Builder设置适当的Cell尺寸，并分别导入离子对140个与CO2分子10个（CO2属于常用分子，在对应框内输入CO2选择对应分子即可，不需要导入*.xyz文件）
用户此处也可以分别导入阴离子、阳离子各自的xyz文件，然后点击Generate Molecules按钮生成混合物后，Close关闭Builder窗口。回到Main窗口，点击Type: Apple&P右侧的按钮，进入Apple&P的详细设置面板，设置每种分子的电荷，并按Generate按钮，生成Apple&P原子信息：
然后设置MD的基本参数：
注意：
- Number of steps，总的步数
- Time step，对于没有化学反应的情况，0.5 fs或1.0 fs步长都是可以的
- Sample frequency，保存轨迹的频率，此处数值越小轨迹文件将越大，轨迹动画越细腻
- Shake：bonds X X，表示放弃AMSinput产生的对键的定义和限制，采用Apple&P方法对键的定义和限制
分别点击Thermostat和Barostat，以设置恒温器、恒压器：
其中damping constant是MD开始的一个期间，体系本有的温度、压强剧烈震荡期间，该值一般对模拟结果没有明显影响。
提交作业
保存作业，将生成*.ff文件（力场文件），以及*.run文件（作业脚本），提交作业到Linux服务器时，需要将*.ff文件改名为forcefieldfile.ff，并和*.run文件放在一起，然后运行*.run文件。
在GUI提交作业，则与其他模块一致。
结果分析
运行完毕，SCM → Movie可以得到轨迹动画。MD Properties中有一些常用的分子动力学分析工具，例如Molecules列出分子种类与个数：
MD Properties → Autocorrelation Function可以用于扩散系数、均方位移、径向分布函数、粘度、热导率、温度沿轴向的分布曲线等，具体可以参考ReaxFF模块对轨迹动画的分析，分析设置是一模一样的，使用相同的界面。
其他
关于分子动力学的其他更灵活设置，例如温度、压强的变化控制，不同区域设置不同温度等等，都可以参考ReaxFF模块的教程，设置界面除了Apple&P本身参数有别之外，其他设置是一模一样的。