对AMS而言，所有力场、机器学习势，或基于DFTB、DFT的优化，除了Main的设置不同（为各种计算引擎自身参数）外，均与下例设置一致。这里以ReaxFF为例进行说明。

本教程基于AMS2023及以上版本。

这里用两种相同的固体（不同的固体则面临晶格常数不统一的问题，需要通过最小公倍数得到共同的晶格尺寸，一个Cell只能有一个尺寸），中间为液体。建模时，导入单晶结构（*.cif文件通过AMSinput → File → Import Coordinates导入），然后转为Conventional Cell（窗口底部❄ → Convert to conventional Cell），得到便于看出晶向指数、晶面指数的Conventional Cell，然后❄ → Generate Slab…输晶面的密勒指数。以及Slab的厚度（为当前Vonventional Cell厚度的几倍？），Generate即可得到。

当前就变成了一个二维周期体系，需要将其改回三维（因为二维周期体系是无法施加压强的）：回到Main窗口，将Periodicity改为Bulk，然后修改Model → Lattice中晶格矢量的C方向尺寸（垂直于Slab的方向）到一个比较合适的值，这样控制Slab之间的真空层厚度。修改完毕后，窗口底部学❄ → Generate Super Cell，对角项三个数字为A、B、C方向的重复数量，A、B方向可以根据需要设置适当的倍数，C方向设置为2，从而最终生成2层、一定宽度、长度的Slab。

Edit → Builder，添加适当数量的Benzene分子：

不过如上所示由于设置了分子最小间距“Distance”为2.5埃，则添加的分子-分子间，分子与Slab间最小间距将不会小于2.5埃，因此能添加的分子个数是有上限，超过了上限，随机堆叠的时候，就会堆叠失败而报错。用户可以多次尝试不同数量，从而得到不太小的密度就可以了。因为后面施加压力的时候，即使液体密度小了，也会通过压力压缩到较大的密度。

添加好之后，删除上表面以上、下表面以下的分子，看起来就像下图：

基本参数，包括结构优化Task、Force Field的设置如上图所示，然后点击Task右侧的 > 按钮，增加压力的设置：

注意因为要考虑压力，所以Cell的尺寸是需要变化的，即Optimize lattive需要勾选；这种体系结构优化是永不收敛的，只需要大致收敛即可，因此设置了优化步数5000，即优化5000步后就不再优化了（因此计算完毕会提示结构优化不收敛）；窗口底部有Pressure框，输入压强。保存，并提交作业即可。

SCM → Movie，如前所述，这个优化不是收敛的，因此可以忽略下述提示：

可以看到实际上能量梯度在3200步左右，就达到稳定了：

整个过程中，两个Slab之间的间距有所压缩（因此液体密度也有所压缩），A、B方向的尺寸也有所变化（选中窗口右侧的曲线窗口，按del键删除，然后Graph → Lattice vector length → Vector 1，即可看到A的变化）：

3200步以后的结构，任意一帧结构，均可用于后续的分子动力学模拟，并不会影响分子动力学的结果。Movie窗口调整到所需的帧数后，File → Update Geometry in Input则可将其更新到AMSinput原先作业的窗口中，便于设置分子动力学参数，并另存一个作业。当然也可以在所需帧数位置，File → Save geometry保存为xyz格式，然后在AMSinput中可以通过File → Import Coordinates导入结构。

因为是结构优化，所以没有温度（分子没有热运动、振动），可以近似理解为绝对零度。不过由于分子间存在排斥，所以压强是存在的，即我们设置的1 Bar。