例如,我们希望在Z方向创建真空,那么我们可以在Z方向创建二倍超胞:窗口底部❄按钮 → generate SuperCell → 设定1*1*2倍超胞(三个数值分别代表A、B、C方向,正交Cell的话,一般A、B、C方向即X、Y、Z方向):
得到Z方向二倍高度的体系:
按住Shift键,鼠标画框选装上方,需要成为真空的区域,然后Ctrl m键,令这些被选中的分子和分子碎片涉及的分子,全部原子被选中,如此选中的都是整个的分子。然后del键删除,即可得到不含分子碎片,液体+真空的体系:
由于周期性边界条件,液体-真空体系,永远都是液体Slab-真空-液体Slab-真空-液体Slab-真空……无限循环:
所以液体是否在Cell的底部是完全不重要的,也是完全等价的。如果一定要将液体移动到Cell的底部,可以选择最底部的一个原子,然后菜单栏Edit → Set Origin(将其设为坐标原点) → ❄ → Map Atoms to (0..1),如此体系就移动到Cell的底部了:
实际上和移动前,是一模一样的、完全绝对等价的。当然想更好地提现液体效果,可以考虑冻结底部的一些分子(鼠标画框选中底部的一些原子,然后Ctrl m使得相关的分子被选中)→ Model → Geometry Constraints and PES Scan → 点击Fixed position前面的 + 按钮即冻结: