这是本文档旧的修订版!
分子比较大,通过Builder并不能直接生成固体,因为builder无法实现分子的交缠,解决方法:先创建低密度体系,然后使用Model → MD Deformation功能压缩。如下:
创建正常模型: 这里主要是确定系统包含多少个分子,体积可以比较大,便于分子能够顺利填充进去,后面我们来设置压缩。窗口底部有预期密度,因此用户可以尝试调整Lattice vector看看设置为多少的时候,预期密度是所希望的,然后记住这个数值,例如本例修改为30.0*30*30的时候,预期密度是1.403,我们记住30.0*30*30这个压缩目标,然后把晶格常数改回200。
注意这里设置的MD步数,比压缩过程所需步数多1~2万步更好,因为压缩完毕之后,还能弛豫一段时间,从而结构更加合理。因此这里我们设置2万步,后面压缩设置为1万步。 温度的设置,与弛豫的思想一致。可以比较低,一定要避免发生反应。
设置压缩: 压缩耗时1万步(压缩速度不能太快,否则容易导致分子碎裂),目标晶格常数为30.0*30*30。程序将在1万步的跨度中,匀速压缩到30Å*30Å*30Å。
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