fbMC:加速分子动力学模拟中反应发生
AMS2021中,恢复了AMS2019中的fbMC功能,本例以石墨烯的自我修复为例,演示fbMC的使用。fbMC本身是基于常规分子动力学模拟的,是在常规分子动力学模拟(常见的例如ReaxFF的MD,不常见的DFT的MD、DFTB-MD、MOPAC-MD)中,插入一些蒙特卡洛。这些插入的蒙特卡洛模拟步中,原子将会根据蒙特卡洛的规律,在一定的限制条件下(详见下文),呈现新的随机结构。
本文以ReaxFF作为范例,其他模块例如机器学习势、DFTB、基于BAND模块则属于AIMD,除了Main的参数设置不同,其他设置完全一致。
基本分子动力学参数设置
设置力场:
设置模拟步数、保存轨迹的频率(默认每100步保存1次轨迹),并设定体系重心不移动
设定系综:算法、温度、damping时长:
fbMC的设置
Model - force bias MC(fbMC):
其中,
start step,何时开启fbMC
stop step,何时终止fbMC
frequencies,每做多少步MD,做一次fbMC
number of steps,一次MC做多少步
step length,fbMC过程中原子最大位移量
Temperature,fbMC的温度,建议与MD的温度一致
结果查看
与一般的ReaxFF分子动力学分析没有差别,SCM - Movie: