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adf:edatasks

在集群提交EDA、NOCV的作业

流程如下:

  1. 在本地Windows生成EDA、NOCV作业,保存,并删除主作业中的*.run文件中,关于碎片的完整路径,只保留后面*.results/band.rkf部分:
  2. 将作业的主作业、碎片作业的几个*.run文件,一起上传到服务器的某个文件夹内
  3. PBS、LSF、Slurm脚本中(脚本的写法参考:集群、超算:通过PBS、LSF或SLURM脚本提交任务、设定任务核数),主体部分建议包含如下内容:
    source /export/ams2024.102/amsbashrc.sh 
    
    #此处输入主作业的名字和碎片作业的名字
    jobname=2-h2o
    region1=2-h2o.Region_1
    region2=2-h2o.Region_2
    
    rm -rf /tmp/$username/${jobname}
    mkdir -p /tmp/$username/${jobname}
    export SCM_TMPDIR=/tmp/$username/${jobname}
    
    dos2unix ./*run
    chmod 700 ./*run
    
    #此处依次执行碎片作业、主作业
    ./${region1}.run >${region1}.out
    mv ams.results ${region1}.results
    sleep 5
    ./${region2}.run >${region2}.out
    mv ams.results ${region2}.results
    sleep 5
    ./${jobname}.run > ${jobname}.out
    mv ams.results ${jobname}.results
    sleep 5
    mv ${region1}.results ./${jobname}.results
    mv ${region2}.results ./${jobname}.results
    
    rm -Rf $SCM_TMPDIR
  4. 计算完毕,会生成主作业名字的.results文件夹。将.results文件夹、所有*.out文件下载到本地Windows那个作业的文件夹中,AMSJobs 选中 主作业 SCM → View 即可进行差分电荷、NOCV def density的分析。
adf/edatasks.txt · 最后更改: 2024/10/12 12:00 由 liu.jun

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