如何生成特定分子在z轴上的分布情况
本功能基于AMS2021,及其以上的版本。
可以使用后处理脚本(下载后解压)。该脚本可以得到每个Z值下,观察到该分子的个数,对时间的均值。因此,建议得到一个稳定的结果之后,从该结构出发,在相同条件下,做一定时间长度的MD,然后使用该脚本处理,这样的均值才有意义。
使用方法:
将该脚本放入$AMSHOME/scripting/standalone/reaxff-ams/中(当然也可以放入其他地方都可以,执行命令行的时候,输入路径即可)
打开ams_command_line.bat,输入sh。
然后通过简单的cd命令,进入作业所在的目录中,执行如下命令:
$ amspython $AMSHOME/scripting/standalone/reaxff-ams/get_molecules_plams.py --rkf *.results --molecules LiO2 Li2CO3
其中:
*替换为任务的名字;
–molecules后面输入的是要作分布图的分子,这里关心LiO2分子和Li2CO3分子
生成的结果是一个文本文件histogram.txt,包含几列数据,第一列是z值,后面几列是分子个数对时间的均值,可以用Excel导入数据,然后作图
z值范围是该分子出现过的z值的最大值到最小值,该范围外的z值,该分子未曾在此出现