通过径向分布函数（RDF）考察扩撒情况
这里我们用一个简单的例子来演示径向分布函数与扩散的关系。径向分布函数简单的说，是用来描述原子或分子间距的分布情况的一个函数，横坐标是间距，纵坐标是分子子对或原子对处于该间距的相对几率。例如对标准晶体，原子的径向分布函数会有一些尖锐的峰，这些峰的横坐标就是各种原子间距值。峰与峰之间的y值为0，即表示没有原子之间的间距为这些值。
该功能适合于AMS中普通力场、机器学习力场、反应力场以及第一性原理的分子动力学。这里仅仅以一般力场为例演示，其他计算方法，除了Main窗口（方法本身参数）的设置不同，其他完全相同。
模型
这里首先在Builder中，以较小的Cell填充适量的庚烷，然后直接将Cell尺寸改大到50埃，然后在Model → Region中去掉出现的Region，然后在Builder中只添加1300水分子，如此庚烷与水是分离开的。
参数设置
这里使用了UFF力场。如果使用ReaxFF或其他力场，类似设置即可。
保存并运行作业。
结果分析
SCM → Movie，点击默认出现的能量曲线，del键删除。然后菜单栏MD Properties → RDF进入RDF设置窗口。
选中一个C原子，然后菜单栏Selection → Select atoms of the same type从而选中所有C原子，然后ctrl m键选中这些C原子所在的分子，点击From atoms栏后面的加+号，然后Select → Invert selection反选所有原子，即所有水分子被选中。点击RDF窗口的To atoms栏后面的+号。如此设定好了要计算哪些分子之间的距离。
然后设置参数如下：
其中：
- Frams：从第1帧到第10帧逐个计算RDF的均值
- r range：关心的RDF函数的横坐标范围
- Distance type：选择Inter Molecule，计算分子间的距离
点击Replace RDF将生成RDF函数。菜单栏Graph → Save as XY，将该RDF函数保存为文本文件。该文本文件前面一段的内容可以删除，只保留后面的一段两列数据即可。
类似计算最后50帧的RDF数据，同样保存为文本文件。
由于两个数据横坐标是一致的，因此在Excel表格中，可以做出曲线比较（其中系列1是扩撒前的，系列2是扩撒后的）：
可以扩撒后，短距离区域的RDF值大幅提升，即两种分子近距离接触的几率变大了很多，也就表示两种分子较为分子充分地接触了，如果模拟时间足够长，RDF在这部分区域将进一步增大，直到平衡。而扩散前，两种分子近距离接触的几率就明显很小。