这是本文档旧的修订版!
此处以简单案例进行说明:
说明:
只需要设置系综实现的方案Thermostat、Temperature、Damping constant。其中Damping constant表示震荡时间(在达到指定温度前,温度随机震荡),一般默认设置100fs,也可以降低为5fs,对结果影响不大。
温度如果只设置了一个,则不需要设置Duration(s),整个模拟过程都是该温度;如果需要改变温度,则如上图所示设置多个温度即可,配合Duration(s)的设置,可以实现控温。例如图中所示表示:起始温度298K,在随后的5000步中逐渐升温到348K,然后第5001步从348K经历25000步,回到298K,此时总共已经经历了5000+25000=30000步,从现在直到结束都是298K。
总之,Duration(s)的数字个数比温度的数字个数少1个。如果有保温过程,可以设置如下:温度设置为298 4000 4000 298,Durations设置为5000 30000 5000,表示298~4000升温过程经历5000步,4000K保温30000步,然后4000~298降温过程经历5000步,最后保持在298K直到结束。
设置与NVT类似。
SCM - Movie - MD properties - Molecules,勾选某种分子,就可以显示该分子的数量变化曲线
Movie - MD properties - Reaction Event Detection,可以分析单步反应(基元反应):
之后点击Process,处理完毕之后,点击Browse即可在网页中看到分析信息: