这个问题往往不像问的这么简单。蛋白质模型pdb文件、cif文件，经常本身就会出现一些游离H原子或者其他的一些Xx原子。

如果文件本身没有问题，那么自动加氢就没有问题。那么你导入后，如果体系原子全部是相连接的，也就是说，是一个大分子，那么你选中一个原子，ctrl m看看选中的原子个数是不是与总原子个数相同，如果ctrl m存在未被选中的原子，那么删掉这些游离原子或虚假原子，重新Ctrl e加氢。

优化结构建议先用UFF力场优化。因为自动加H后，有可能有些H原子与其他原子是重叠的或非常接近的，用ReaxFF力场优化，就会出现不符合期望的结果（H原子离谁近，在ReaxFF中肯定是认为与它成键的），因为ReaxFF优化过程会改变键级，而且原子距离太近会报错。UFF力场优化不会改变键级，从而容易得到期待的结构。