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adf:creatsurfaceofliquid

【入门基础教程】创建均匀混合物

打开AMSinput,根据需要切换到ReaxFF或DFTB、BAND模块,检查周期性Periodicity设置为Bulk:

  • 点击Edit > Builder,设置Cell的尺寸(如下图所示则为30*30*30立方埃的一个立方盒子,当然尺寸可以根据自己的需要随意修改,但修改的时候要注意这影响着浓度、密度,更详细的说明,可以参考如何确定ReaxFF模拟所用到的Cell的尺寸
  • 在盒子中,放入分子:点击图中所示的加号两次,这样可以导入两种分子。如果需要导入其他分子,多点几次加号就可以了。

  • 如下图所示,在两个框中直接输入H2和F2,软件会自动搜到库中这两种分子结构,分别选择即可(注意,默认是100个分子,这个数字可以根据我们自己的需要任意修改):

  • 点击“Generate Molecules”,这样上面设置的两种分子就会产生到左边的窗口,如下图所示:

  • 补充说明:

如果输入的分子式,软件自带的库里面没有,那么就需要自己创建*.xyz文件,建模的操作,参考:AMS软件建模教程;创建完毕之后,在Input窗口点击菜单栏File > Export Coordinates,如此将该分子结构保存成某个名字为*.xyz的文件。要记住保存的位置,便于后面导入分子的时候,找到这个分子的xyz文件。

导入*.xyz文件的方式:点击如下窗口所示的按钮之后,选中前面保存的*.xyz文件即可。

  • Generate Molecules得到二者的均匀混合物:

  • 注意,由于ReaxFF没有考虑重力,所以,无法区分气体与液体,一律以超临界状态呈现。
  • 如果要将某个分子,位置平移到盒子的中心,可以如下操作:选中该分子的一个原子,CTRL m选中整个分子,菜单栏Edit - Set Origin,即可。
adf/creatsurfaceofliquid.txt · 最后更改: 2024/02/05 12:33 由 liu.jun

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