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adf:connectrkf

如何合并两次分子动力学轨迹

以下内容针对 AMS2023 及其以上版本。

一般来说,我们可能进行一次分子动力学模拟过程中,因为某种原因而中断了模拟,从而我们在Model → MD中Initial velocities选择From File,读取*.results/ams.rkf,并在底部Restart from也读取该文件,从而实现原子运动速度、坐标的连续性。然后另存一个作业,运行后,作业2可以认为是严格的作业1的延续。

但是这样对我们的分析带来了不便,因此我们可能希望将两个作业的ams.rtkf文件(轨迹文件)连接起来,像一个连续的作业一样。

这里,我们提供一个Python脚本,实现这样的功能。使用方法如下:

  1. 下载该压缩包并解压,得到*.py文件,将*.py文件放入两个作业所在文件夹中
  2. 在命令行(Win系统:AMSjobs进入作业所在路径 → Help → Command-line 输入sh回车,然后),运行脚本的方式如下:
amspython concatenate_at_once.py 01NVE-Kill.results/ams.rkf 02NVE-restart.results/ams.rkf 回车

即amspython concatenate_at_once.py后面依次输入第1个作业和第2个作业的ams.rkf文件完整的路径,回车:

即可生成一个名为concatenated.rkf的轨迹文件,这是合并之后的轨迹文件。

对2023.105及其之后的版本,另外有2个脚本,可能合并效果更佳。用法一样,下载链接(点击)。

adf/connectrkf.txt · 最后更改: 2024/10/09 15:41 由 liu.jun

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