如何得到静电势等值面
任何一个单点计算,均能自动得到等静电势面。单点计算的参数设置参加:【入门基础教程】单点计算与BAND的基本参数设置、计算效率
我们以水分子为例,用“密度等值面上,以颜色表达静电势在该曲面上的分布”、“静电势剖面分布图”,两种方式来显示静电势面。以下操作均在View窗口。并且都设置了图像的透明度为40%、50%。设置方法参考:如何设置View中各种空间分布图的透明度
AMSView中,静电势的单位是原子单位:1 a.u. = 27.21138505(60) V
以下操作均在View窗口。并且都设置了图像的透明度为50%。设置方法参考:如何设置View中各种空间分布图的透明度
默认情况下,SCM LOGO > View窗口会显示晶格矢量,可以点击View窗口 > View > Periodic > Show Lattice Vectors的勾选取消。
一、在电子密度等值面上显示静电势分布
BAND 显示的静电势符号需要反号,即乘以 -1:
菜单栏Field - Calculate - 窗口底部选择计算符号为“*(Scalar)” ,左侧输入-1.0,右侧选择Potential - Couloumb Potential,从而生成 C-1 函数即真正的静电势
显示该 C-1 函数:
Restricted 计算的结果:Add → Isosurface:colored,窗口底部左边的 Select Field 选择密度等值面:Density - total density,窗口底部右边的 Select Field 选择 Other → C-1,并勾选右下角的 Bar(色条显示)
Unrestricted 计算的结果:软件生成的电子密度是 Density A → Total Density A 和 Density B → Total Density B两个函数,即 α 电子密度、β 电子密度,这里我们将二者加和得到总电子密度(Field - Calculate - 左边的 Select Field 选择 Density A → Total Density A,右边的 Select Field 选择 Density B → Total Density B,中间的减号改为加号)名为 C-2。Add → Isosurface:colored,窗口底部左边的 Select Field 选择电子密度等值面:Other → C-2,窗口底部右边的 Select Field 选择静电势 Other → C-1,并勾选右下角的 Bar(色条显示)
半透明显示的设置:点击窗口底部,要修改半透明显示的那个函数对应的 Isosurface: * 按钮 - Show details,然后将Opacity从默认 100 改为50(值越小透明度越低,100为不透明,0为完全透明)
具体如下图所示:
Restricted 计算的结果
Unrestricted 计算的结果
二、用颜色显示切面上的静电势分布
点击Add > Cutplane: colcored。将最前面的框勾选,表示显示该函数。Select Field选择如上所示计算的反号之后的库伦势,也就是C-1。
可以选中三个原子,并点击“with atoms”(窗口底部),从而使得切面是在三个原子确定的一个平面上
可以勾选“Position plane”(窗口底部)拖动、转动随之产生的方框来移动等高线的位置和方向。
勾选bar,将颜色与数值对照起来,bar的范围就是该平面上静电势的分布区间。