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adf:clusterfix_root

Linux集群锁定许可(不推荐):安装、获取机器码、申请license、安装license

AMS软件本身并不区分正式版、试用版。对于试用版和正式版的区分,是在license文件,以及法律意义的授权协议上面。因此无论是试用版还是正式版,安装过程都是按照如下步骤(以2022.103版为例,其他版本类似)。

第一步,解压软件

将安装包上传到被共享的目标文件夹(例如/public/software/),并中解压AMS安装包:

cd /public/software/
tar zxf ./ams2022.103.pc64_linux.intelmpi.bin.tgz (当然不同的版本,这个文件名也不同)

这样会生成文件夹/public/software/ams2022.103。然后执行命令:

chmod 755 -R /public/software/ams20*.*

从而赋予程序适当权限:普通用户可以运行程序,但不能修改程序文件。

第二步,设置环境变量

在解压生成的AMS2022.103目录内,有一个文件,名为amsbashrc.sh,里面包含了AMS所需的环境变量。用户需要酌情考虑是否将临时文件夹从默认的/tmp更改为其他路径,例如作业当前目录,如果需要则在amsbashrc.sh最后添加一行(或在pbs脚本中source语句后,添加一行):

export SCM_TMPDIR=$PWD
  • SCM_TMPDIR所指向的这个目录,要注意经常清理,避免大量垃圾堆积;
  • 该目录最好是在高速读写硬盘中,如果用户不清楚,可以使用默认值(/tmp一般就在高速硬盘中);
  • 这个目录对AMS用户需要有读写权限,当然一般/tmp对所有用户都有读写权限;
  • 酌情增加一行环境变量:
    export SCM_WAIT_LICENSE=9999999999

    如果用户提交的作业,所需核数大于购买的核数,那么AMS程序就会等待前面任务完成,再自动运行后面等待的任务,但这个等待时间默认只有600秒,之后就会杀死这个等待的任务。为了与PBS、LSF系统更好的配合,可以将这个等待时间提高到很大,这样只要PBS、LSF没有杀死它,它就一直等待,从而更方便。

如果是ReaxFF用户,还建议增加一行:

export OMP_NUM_THREADS=1

这个变量是控制OpenMP并行,这个变量用的好,可以提高效率,但是用的不好则会降低效率。如果不想用,则需要在环境变量中将其设置为1。对于高级用户,如果您想使用该变量,请参阅:OMP_NUM_THREADS的运用

第三步,获取机器码,用于申请license

用户应确认AMS的license锁定在哪些节点上,在这些节点上,分别运行命令:

source /public/software/ams2022.103/amsbashrc.sh
dirac info

即输出AMS所需的机器码,将这些信息复制到文本文件中,汇集起来发给SCM或者费米科技,并加以说明。

第四步,提交机器码

提交机器码:由注册人邮箱将机器码发送给费米科技(ams@fermitech.com.cn或相关人员),用于license的申请。邮件内容中请说明:单位、注册人、申请正式许可还是试用许可。如果不是注册人本人提交,需要抄送给注册人邮箱一般提交机器码之后,1~3工作日内会把license发给您,如果3天仍然没有收到,您可以联系我们查询一下进度。

注册过正式许可的机器,请勿再次提交。

第五步,安装license

用户收到license.txt文件之后,将该文件放置在AMS安装文件夹(如ams2022.103)中,之后即可正常使用。安装过程中有任何问题,可以发邮件到ams@fermitech.com.cn,说明尽量全面的报错的信息,我们将提供有效的协助。

第七六步:如何提交作业、设置核心数

PBS/LSF提交作业的时候,source /public/software/ams2022.103/amsbashrc.sh将会添加到PBS/LSF脚本中。如果是SLURM系统,用户可以把source /public/software/ams2022.103/amsbashrc.sh写到/etc/profile文件最后一行,之后source /etc/profile即可提交作业。

具体参考:集群、超算:通过PBS、LSF或SLURM脚本提交任务、设定任务核数

adf/clusterfix_root.txt · 最后更改: 2024/10/16 15:44 由 liu.jun

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