这是本文档旧的修订版!
周期性体系的BSSE修正,原理、图形界面操作与ADF模块一致,参考ADF中如何计算、消除BSSE
默认生成的*.run文件,坐标格式是类似这样的:
ATOMS H 0.04893625887 0.1606329772 -0.4241884865 0.6266772729 -0.1917748773 -0.7235612053 END ATOMS O 2.639585644 0.7559731921 1.28755038 2.199232799 0.1119645919 0.01812440903 END
也就是将某一种元素列出来,然后列出该元素原子的坐标,例如上例中是2个O原子和2个H原子。
要设置Ghost原子,需要手动整理一下坐标格式,修改成如下的格式:
ATOMS H 0.04893625887 0.1606329772 -0.4241884865 H 0.6266772729 -0.1917748773 -0.7235612053 O 2.639585644 0.7559731921 1.28755038 O 2.199232799 0.1119645919 0.01812440903 END
简单的说,就是在ATOMS字段内,把所有原子都列出来,第一列标记元素符号。
例如上例中,我们希望将第二、三个原子设置为Ghost,那么只需要将上述坐标改为:
ATOMS H 0.04893625887 0.1606329772 -0.4241884865 Gh.H 0.6266772729 -0.1917748773 -0.7235612053 Gh.O 2.639585644 0.7559731921 1.28755038 O 2.199232799 0.1119645919 0.01812440903 END
即可。 也就是在希望改成Ghost原子的原子前面加上'Gh.'标记。如此,该原子就实际上不存在,对整个体系的影响,就仅仅是提供了一个该原子的基函数。