生成的.out文件中（或*.results中的临时文件）会告知具体哪些原子距离太近，可以根据编号去检查。主要来源是两个方面：

1. 边界原子是不是和下一个周期的原子靠太近？
2. 是不是有原子重叠了？

其中

• 第一种情况，检查的方法是点击窗口底部的四个圈按钮，切换到显示多个周期，看看是否有原子重叠
• 第二种情况，检查的办法很简单：选中一个原子，把这个原子拖离原位一点点（微微偏离原位即可），就可以看到这些原子是不是有重叠的状况。如果建模的时候就已经重叠了，那可以考虑建模之后，用UFF力场先优化一下，因为UFF力场优化过程不改变键级。

修改模拟条件，避免该偶然事件（原子剧烈碰撞导致原子距离过近）：修改分子个数、模拟条件如温度等。另外可以参考建议：关闭Atoms too close的检查

如果体系温度很高，例如4000K甚至10000K，步长设置需要比0.25fs小，否则会导致原子在1个step，就运动到与另一个原子相近的地方，而没有及时更新受力情况，从而导致atoms too close的情况。

为了更清楚的知道出现atoms too close的原因，我们可以检查一下动画。在*.out尾部会有具体报错信息，展示是哪两个原子出现了这种情况，例如：

 MolGun1: Added 1 atoms with CoM at   -7.76141   0.80403  18.89726 a.u.
 Velocity   -0.00013  -0.00007  -0.02285 a.u.
atoms=119 441, cell shift=  0  0  0, distance=     0.25294957

表示此刻119号原子和441号原子靠得太近，距离只有0.25294957埃。

在AMSinput → Model → Coordinates中，我们找到这个原子 然后在Movie的第一帧中，找到对应的原子，并在View → Atom info → Name → Show勾选，显示该原子：

然后从Movie的最后一帧，一帧一帧倒着看，就可以发现原因了。