应检查两个方面：

1. 边界原子是不是和下一个周期的原子靠太近？
2. 是不是有原子重叠了？

其中第二种情况，检查的办法很简单：选中一个原子，然后按ctrl m，可以看到和它连接的原子被选中了，然后把这些原子拖离原位一点点（微微偏离原位即可），就可以看到这些原子是不是有重叠的状况。

修改模拟条件，避免该偶然事件（原子剧烈碰撞导致原子距离过近）：修改分子个数、模拟条件如温度等。