有原子之间距离过近。用户应检查两个方面：

1. 边界原子是不是和下一个周期的原子靠太近？
2. 是不是有原子重叠了？

其中第二种情况，检查的办法很简单：选中一个原子，然后按ctrl m，可以看到和它连接的原子被选中了，然后把这些原子拖离原位一点点（微微偏离原位即可），就可以看到这些原子是不是有重叠的状况。

还有一种情况：体系不稳定，MD过程中突然出现异常高的温度，使得原子快速运动和其他原子剧烈碰撞在一起，造成原子过近，从而出现该提示。这种情况需要重新考虑一下模拟的条件、模型是否合理？是不是弛豫过？