首先，这种情况就是因为出现了个别原子距离靠得太近，已经不符合科学实际了，例如两个原子距离0.2埃，这是严重违背科学事实的。在AMS中，出现这种情况，是会停止模拟下去的（Lammps不检查这一项的合理性）。

那么用户就应该检查，哪个原子对，出现了这种近距离？为什么会运动到这么近的距离，都不弹开？是步长太长了吗？是原子间排斥力太小（不符合事实）了吗？等等。

这是初始模型本身有问题！

生成的.out文件中尾部，会告知具体哪些原子距离太近，可以根据编号去检查，例如：

Atoms 1 and 897 are extremely close (<0.001 Bohr). Input error? If this was intended, set the System%AllowCloseAtoms option to True.

显示1和897号原子几乎重叠在一起了。 造成这种问题主要来源是两个方面：

1. 边界原子是不是和下一个周期的原子靠太近？请务必正确理解“周期性”，如果不理解周期性，做分子动力学模拟就纯属瞎整。
2. 是不是模型复制、粘贴导致重叠？

其中

• 第一种情况，检查的方法是点击窗口底部的四个圈按钮，切换到显示多个周期，看看是否有原子重叠。这种问题经常是单胞Cell比体系还小，导致考虑周期性后，就出现了原子的重叠，例如图示：很显然图中的二维体系，二维单胞很小，但原子却占据了很大的位置，左侧、右侧均超出了Cell边界，那么考虑周期性，显然左侧和右侧原子必然重叠。
• 第二种情况，检查的办法很简单：选中一个原子，把这个原子拖离原位一点点（微微偏离原位即可），就可以看到这些原子是不是有重叠的状况。

修改模拟条件，避免该偶然事件（原子剧烈碰撞导致原子距离过近）：修改分子个数、模拟条件如温度等。 如果体系温度很高，例如4000K甚至10000K，步长设置需要比0.25fs小，否则会导致原子在1个step，就运动到与另一个原子相近的地方，而没有及时更新受力情况（随着原子靠近，排斥力应该暴增太对，但由于步长太长，因此还没有来得及更新排斥力，就已经运动到了跟前），从而导致atoms too close的情况。

还有一种情况，就是使用Molecule Gun入射原子、分子，入射速度或能量非常高，但是步长不够小，这种情况也和温度很高是一样的道理。

为了更清楚的知道出现atoms too close的原因，我们可以检查一下动画。在*.out尾部会有具体报错信息，展示是哪两个原子出现了这种情况，例如：

 MolGun1: Added 1 atoms with CoM at   -7.76141   0.80403  18.89726 a.u.
 Velocity   -0.00013  -0.00007  -0.02285 a.u.
atoms=119 441, cell shift=  0  0  0, distance=     0.25294957

表示此刻119号原子和441号原子靠得太近，距离只有0.25294957埃。

在AMSinput → Model → Coordinates中，我们找到这个原子 然后在Movie的第一帧中，找到对应的原子，并在View → Atom info → Name → Show勾选，显示该原子：

然后从Movie的最后一帧，一帧一帧倒着看，结合实验微观视角的常识，就可以发现原因了。

最愚蠢的办法，就是不检查任何原因，直接关闭检查。正常做分子动力学模拟，一般是不允许这种不严谨的做法的。

• 关闭Atoms too close的检查