版本要求AMS2019.3以上。这里以Al表面吸附水分子为例。
本文以ReaxFF作为范例,其他模块例如机器学习势、DFTB、基于BAND模块则属于AIMD,除了Main的参数设置不同,其他设置完全一致。
固体与液体混合物建模,参考教程:【入门基础教程】创建固体表面,并均匀加入其它气体、液体分子
作业设置如下:
首先需要将固体设置为一个分区(分区的设置操作,参考如何创建分区):
然后是常规分子动力学参数设置,如选定力场,设置温度、步数、保存轨迹的频率等:
这里设置了总的步数,保存轨迹的频率根据需要设置即可,这里保留了默认的100步,并且指定了吸附的基地材料——即前面设置的固体的那个分区: 设定温度: 保存作业并运行。
SCM - Movie - MD Properties - Molecules,可以看到产物列表中,有一种产物带有(ads),这就是吸附产物:
H2O(ads),表示固体表面吸附了H2O分子,吸附的点位是O原子。勾选该行的Graph列勾选框,即可看到该吸附产物的数量变化曲线。
在AMSinput中的键级,未经计算,因此其键级是图形窗口根据简单的价电子规则而猜测出来的。在Movie中是经过计算的,因此鼠标选中两个原子,窗口左下角则会显示两个原子之间的键级。