窗口中，原子被选中则会高亮显示。

• 没有任何原子被选中，右键拖动可以将模型整体移动；
• 按住Shift键后，可以多选原子；
• 按住Shift键后，左键画框可以选中框到的原子；
• 按住CTRL键后，左键可以转动整个分子；
• 按住CTRL键后，左键可以整体转动被选中的部分原子；
• 点击菜单栏Select > Invert Selection，交换选中情况 — 之前选中的变成未选中，之前未选中的变成被选中；
• CTRL M键：自动将与原先选中的原子相连接的所有原子都选中；
• CTRL E键：对选中原子加氢饱和；
• Del键：删除被选中原子；
• Ctrl C键：复制被选中原子；
• CTRL V键：粘贴之前选中的原子
• 有原子被选中，右键拖动被选中的原子，可以将被选中的原子整体移动；
• 鼠标点击左边窗口的空白处，则所有原子都不被选中；
• 鼠标滚轮可以放大、缩小；