这是本文档旧的修订版!
BAND中的二维体系是真正的二维体系,并不需要加真空层。在Main菜单中,Periodicity一栏显示的是Slab。因此BAND对二维、一维体系的计算效率高于VASP等平面波程序。
如果是石墨烯等片层结构,如果有CIF文件的话,可以直接通过File > Coordinates Import导入到ADFinput中,之后在Main菜单中将Periodicity设置为Slab即可。如果是三维晶体,比如体心立方的铁晶体。那么应该先将CIF文件导入ADFinput中,然后切割成二维体系,切割方法参考从三维晶体切割出二维表面。
然后点击Edit > Crystal > Generate Super Cell。设置超胞为2*2:
之后,在表面创建H2分子:左键点击窗口下方的H按钮,然后在合适的位置左键点击2次,即创建好H2分子:
之后可以对键长和键角进行调整,调整方式参考精确调整键长、键角、二面角。
严格的说,需要先对吸附模型进行结构优化,但本例仅仅为了演示pEDA的功能,因此省去了结构优化,而假定上述得到的结构是优化好的结构。设置参数如下:
注意,泛函、基组的选择,请参考不同泛函的特点、ADF:一般情况下如何选择基组Basis Set、对同一种元素的不同原子指定不同基组
如果有原子不在Cell范围内,通过Edit > Crystal > Map Atoms to Cell。因为进行pEDA计算的时候,如果有原子不在Cell范围内可能会报错。
将H2和铁表面分成2个区,分区方法参考如何创建分区,如下图:
设置其他参数:
设置完成后,File > Save As保存任务。
提交任务的方式,参考parallel
查看结果文件,参考结果文件查看。
打开*.out文件,点击Properties > PEDA Energy Terms即可看到能量分解的情况。各项能量的含义,请参考pEDA能量各项的含义。