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adf:2021generaterxmolfra

2021以后的版本中,ReaxFF如何生成旧版中的RXMOLFRA文件

旧版中的RXMOLFRA文件包含每一帧动画中,各种分子的个数信息列表。2021版以后,默认不再生成该文件,需要用户通过一个简单的Python脚本(下载后请解压)生成。

使用方法

将该脚本放入ams202*.*/scripting/standalone/reaxff-ams/中(当然也可以放入其他地方都可以,执行命令行的时候,输入路径即可)。打开AMSJobs,在AMSJobs窗口进入作业的*.results所在文件夹,然后菜单栏 Help → Command-line 输入sh回车,从而进入脚本环境。通过如下命令,生成该文件:

amspython $AMSHOME/scripting/standalone/reaxff-ams/mols_in_traj.py *.results > RXMOLFRA.txt

其中*替换为作业的名字,RXMOLFRA.txt 是生成的文件。

文件内容类似:

Step:            0
Molecules:    600
       100 x CH4                                 
       500 x O2                                  

Step:          100
Molecules:    600
       100 x CH4                                 
       500 x O2                                  

Step:          200
Molecules:    600
       100 x CH4                                 
       500 x O2                                  

Step:          300
Molecules:    600
       100 x CH4                                 
       500 x O2                                  

Step:          400
Molecules:    600
       100 x CH4                                 
       500 x O2                                  

Step:          500
Molecules:    600
       100 x CH4                                 
       500 x O2                                  

Step:          600
Molecules:    600
       100 x CH4                                 
       500 x O2                                  

Step列出步数,然后下面列出分子个数和分子式。

adf/2021generaterxmolfra.txt · 最后更改: 2023/07/21 14:49 由 liu.jun

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