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ParAMS中旧版ReaxFF力场训练相关的文件格式如何转为新版

软件使用版本:AMS 2024.101以上。 概述:AMS2021和早期版本支持使用与ParAMS不同的文件格式的ReaxFF参数化。本教程展示了如何从旧格式转换为新的ParAMS格式:

新旧版本AMS的文件类型

旧版反应力场训练的输入文件(参考ReaxFF原始手册)主要包括:

  • Geo:结构文件,包含训练集所有结构信息
  • trainset.in:训练集数据文件
  • Ffield:力场文件,初始力场参数
  • Control:控制文件,调用命令信息
  • Params:优化参数文件,包括参数优化的内容和范围

新的文件格式主要包括:job_collection.yaml、training_set.yaml、parameter_interface.yaml。对应关系如下:

例子文件与Python转换脚本

可以在$AMSHOME/scripting/scm/params/examples/import_old_ ReaxFF中找到例子,包括两个体系体系Co、polymer的训练集参数和一个convert.py文件(通过命令行转化格式的Python脚本,用法见下文)。

转化方式1:通过ParAMS转化格式

Geo、control将被转化为job_collection.yaml。旧的geo格式中包括single-point (RUTYPE SINGLE POINT),geometry optimization (RUTYPE MAXIT 100, where 100 is the maximum number of iterations),“normal runs” (RUTYPE NORMAL RUN),NORMAL RUN的含义在控制文件中定义。转换会自动读取:系统电荷(MOLCHARGE部分),原子坐标,以及键长键角约束(力常数近似转换为AMS格式)。

SCM→ ParAMS → File打开指定目录geo文件(注意:需要把control、trainset.in,ffield和params都放到与geo所在的文件夹中,这样ParAMS会自动读取全部文件)保存文件,生成新格式将出现在 *.params/目录下。

转化方式2:通过Python脚本转化格式

convert.py是手工转换的Python脚本,可以将旧文件目录批量转换为新格式。新文件将被放置在原始目录中一个名为converted_to_params的新目录中。

运行方式: 1,将convert.py、geo、trainset.in、ffield等文件,都放在同一个文件夹,例如D:\ADF_DATA\ AMSJobs进入D:\ADF_DATA\ → Help → Command-line → sh回车,输入amspython convert.py D:/ADF_DATA回车(注意斜杠是左斜杠),将在D:\ADF_DATA\converted_to_params生成*.yaml文件

adf/03paramstransoldversionfiles.txt · 最后更改: 2024/06/25 17:25 由 liu.jun

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