盒子的尺寸实际上取决于我们希望模拟多大的规模，以及我们要模拟的体系的密度。

例如我们模拟水溶液中的反应，那么盒子里面就有水分子还有其他溶质分子。在盒子里面创建好这个溶液体系之后，就可以看到密度：

在上图右下方红色方框内，软件会自动显示该体系的密度。此例中850个水分子、10个乙醇分子放入30*30*30立方埃的Cell里面，密度接近1。这是与实验事实比较接近的，因此这个密度是合理的。

所谓规模，也就是保持相同的密度，把盒子的尺寸和分子的个数，按比例缩小，或者放大。为什么要考虑规模呢？这是考虑到统计的问题。样本数目越少，那么样本的随机性就越差，与实验接近程度就就越差（包括发生反应的时间、温度、压强、温度与压强的震荡等等）。因此通常会增大样本数，也就是会按比例增大盒子的尺寸、分子的个数，前提是保持合理的密度。

而关于样本数对时间、温度、压强、温度与压强的震荡的影响，请参考：

• 如何理解、选择系综
• 怎么理解ReaxFF模拟的反应温度高于实际反应温度