比较方便的做法是，选中某个分子（选中该分子中的某个原子，然后ctrl m则自动选中该原子所在的分子），然后把这个分子附近一定距离，比如3.1埃的原子选中（select > within radius,输入3.1），然后再按ctrl m，则这些原子所在的所有分子都被选中。这些原子是可能与该分子发生反应、关联在一起的。

然后再反选（select > Invert selection），这样刚才选中的分子都变成未选中，其他分子都被选中。

然后通过View > Molecule > Hidden将这些选中的分子都隐藏起来，屏幕中就只显示最早选中的那些分子了。