在BAND模块,对晶体的显示,默认显示3*3*3个周期,对于很大的团簇比较拖显卡,因此建议默认只显示一个周期即可。设置如下(SCM LOGO > Preference中设置):
之后save即可。
正式创建一个1000原子左右的Au球团簇:
1,在ADFinput中File-import Coordinates,导入Au晶体结构的*.cif文件,然后创建超胞:
设置超胞为9*9*9,这样尺寸就很大,从这样的方形盒子切出一个1000原子左右的球,应该是足够了,如果尺寸不够大,则需要进一步调整超胞的尺寸。
2,划定球区域:
超胞创建好之后,打开坐标列表(Model-Coordinates),双击坐标列表中坐标为(或最接近)0,0,0的原子符号,本例中双击“Au(1)“这个小表格框,之后会被选中而变为黄色(此时左边窗口的Au原子实际上也被选中了,只是被其他原子挡住,看不见):
之后,以该原子为球心,将某个半径内的原子全部选中:
例如我们设定为20埃:
则坐标原点附近20埃以内的原子都被选中了,如右下角的数字所示,有1913个原子,显然尺寸偏大了:
点击左边窗口的空白处,如此取消选中原子。然后如前一般,重新选中坐标原点的原子,之后重复上面的选择,调整到合适的半径,本例中半径为16.1埃,得到如下的结果(1055原子被选中):
我们需要保留这1055个原子,删掉剩余的原子,因此点击Select-invert selection,即“反选”:
之后按键盘del键,即删除外面的原子:
然后切换到ADF模块,即可以进行团簇性质的计算: