如下，以体心立方的铁晶体为例进行说明。

打开ADFinput，点击菜单File > Import Coordinates，读取CIF文件。

ADFinput默认显示3*3*3个周期，点击窗口下方的按钮：

则只显示一个周期，这样会更方便一些。如果想设置默认显示一个周期，参考设置默认显示晶体的周期数。

创建超胞：

点击Edit > Crystal > Generate Super Cell，设置超胞的大小，例如设置为3*3*3，则在三个方向进行三倍扩展：

点击View > Periodic > Show Unit Cell，则可以显示单包的空间：

创建孔洞：

鼠标左键点击Cell中心的一个原子：

如下图蓝色圆圈所示，该原子高亮显示，表示被选中了。之后点击Select > Select Within Radius

在 Select atoms closer than (Anstrom)数值，默认值为3.0，表示距离该原子3.0埃区域内的所有原子都将被选中。如此则如下原子被选中：

之后按del键，则上面选中的原子都被删掉，从而形成一个孔洞结构：