这是本文档旧的修订版!
ADF2016以后的版本,支持周期性体系的能量分解。以下以体心立方的铁晶体孔状结构吸附H2例。
在http://rruff.geo.arizona.edu/AMS/amcsd.php美国矿物晶体在线数据库可以搜索到体心立方铁的晶体结构文件,下载*.cif格式的结构文件。
创建孔洞结构的过程,参考创建孔洞结构。
点击如下图黄色圆圈所示的H符号,点击孔洞内的空间两次,则创建好了H2。按CTRL m键,则选中了整个H2分子。将H2移动到合适的位置,参考AMSinput常用快捷键、精确调整键长、键角、二面角、显示键长、键角、二面角。
当然,真正进行计算的时候,需要进行结构优化。但本例中仅演示能量分解的功能,因此省去了结构优化的步骤。
设置参数如下:
泛函、基组的选择,可以参考不同泛函的选择、一般情况下_如何选择基组basis_set、对同一种元素的不同原子指定不同基组
为能量分解设置片段区域,设置方法,如果没有做过的话,务必参考如何创建分区
对于pEDA而言,只需要关心Gamma点就可以了,所以k点设置如下(或者K-Space选择Gamma Only也可以。实际上默认情况下,pEDA也会自动取gamma点,而不读取非1 1 1的k点设置):
提交任务的方式,参考并行数的设置
查看结果文件,参考结果文件查看。
打开*.out文件,点击Properties > PEDA即可看到能量分解的情况。PEDA的分解方式和分子中的分解方式很类似。分子的能量分解物理意义,可以参考文献重现_adenine_thymine碱基对的氢键分析:
△Eint =△Eelstat +△EPauli+△Eoi(+△Edisp)。
其中:
因此用BAND的*.out的书写方式,重新写一遍上面的公式(本例省去E_disp部分):
E_int=E_elstat+E_Pauli+E_orb
上面E_orb,细分为T_orb、Elst_orb、XC_orb,也就是轨道相互作用,对动能T、静电作用能Elst、交换相关能的贡献;
与轨道无关的部分有两种成分:E_elstat、E_Pauli是与轨道相互作用无关的部分。注意静电作用能既包括与轨道作用有关的部分,也包括与轨道作用无关的部分;
与轨道无关的部分也可以按另一种方式拆分:T^0、Elst^0、XC^0,即动能、静电作用能、交换相关能。注意交换相关能中也是既包括与轨道作用有关的部分,也包括与轨道作用无关的部分;
因此上面的公式,可以用其他形式展开:
E_int
=(E_elstat+E_Pauli)+E_orb
=(E_elstat+E_Pauli)+(T_orb+Elst_orb+XC_orb)
=(T^0+Elst^0+XC^0)+(T_orb+Elst_orb+XC_orb)