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如何从 QuantumATK 的轨迹文件创建动画

ATK:支持 gif 动画

要求:了解如何在 QuantumATK 中创建 NEB 或 MD 结构

↓ NEBmovie.nc

在本教程中,您将学习如何由轨迹、 NudgedElasticBand (NEB) 或 MD 的轨迹数据块制作精美的动画。

警告

您必须已有一个现有的轨迹文件。

在这里,我们将展示使用现有轨迹文件制作影片的步骤。该示例是屈曲石墨烯纳米带(GNR)的 NEB 计算,但它和优化和 MD 轨迹的工作原理完全相同。还有其他的教程描述了如何创建和计算 NEB 轨迹。另请注意,您也可以为其他软件包(如 VASP)计算的轨迹制作影片,只要它们可以导入即可。

创建动画 GIF

您只需要将文件拖放到 Viewer 上就可导入您的 NEB 数据块(此处我们使用 NEBmovie.nc 中的 NEB 数据块)。在那里,您可以通过单击右侧面板上的 Properties 按钮来根据个人喜好修饰结构。左键单击结构,您将有以下四个提取选项:

采用以下工作流程导出动画 GIF:

在这点上的可能性是无止境的。例如,如果使用 Movie Tool 分析 NEB 或 MD 模拟,您就可以查看相关量的动图:

旋转动画

在 QuantumATK 中,只需点击 Viewer Rotation Animator,您还可以创建结构围绕特定轴(从静态构型得到的 GIF 动画)旋转的动画(.gif 格式)。Rotation Animator 的功能既显著又易懂:

由轨迹文件制作影片

将 QuantumATK 与其他(外部程序)相结合,您可以通过一系列图片(以各种格式,如 MP4、FLV 等)创建动画。

注意

导出结构

在 QuantumATK 中,您可以提取与动画结构相对应的一整套图片。只需右键单击 Viewer中的 animation/structure,然后选择 Export frames

更改前缀名称以防您稍后导出另一组帧将会是明智的选择,这样您就不会覆盖或混合图像文件。当您单击 OK 后,影片将开始在 3D Viewer 中播放。播放时,每一帧实际上是作为图像导出到了您当前项目中名为 Frames 的目录。这些图像可以使用一些外部软件将其拼接成动画!请参见下文了解在 Linux 上使用 MPlayer 制作动画的简要说明。

举例:用 MPlayer 制作动画

要求:Linux 终端和 MPlayer

链接:http://www.mplayerhq.hu/design7/news.htmlMPlayer

这里我们举例说明如何使用 Linux 命令行中的 MPlayer 软件创建影片/动画文件。

1   $ mencoder mf://GNR_buckle*.png -o atkFrames.avi -ovc lavc -lavcopts \
2   $ vcodec=msmpeg4v2:autoaspect:vbitrate=2160000:mbd=2:keyint=132:vqblur=1.0:cmp=2:subcmp=2:dia=2:mv0:last_pred=3 \
3   $ -mf w=800:h=600:fps=5:type=png

要考虑更改的一些选项是宽高比(使用“-mf”设置与 3D Viewer 窗口大小匹配的宽度(w)、高度(h))和帧速率(“fps”),以及最终影片的文件名。

1   $ mencoder mf://atkFram*.png -o atkFrame.flv -of lavf -oac mp3lame \
2   $ -lameopts abr:br=56 -srate 22050 -ovc lavc \
3   $ -lavcopts vcodec=flv:vbitrate=500:mbd=2:mv0:trell:v4mv:last_pred=3 \
4   $ -mf w=512:h=512:fps=10:type=png

祝您使用 QuantumATK 创建精彩视频体验愉快!

注意:MPlayer 是一个跨平台程序,您也可以在 Windows 和 Mac 中使用。

参考