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在 QuantumATK 中使用 Pymatgen

版本：2015.1

Pymatgen（Python Materials Genomics）是一个用于材料分析的开源 Python 库。它目前为公开的旨在为材料研究人员提供所有已知无机材料计算属性的 Materials Project 提供支持。

QuantumATK 2016 及更高版本都附带 pymatgen，而早期版本的用户需要手动安装。因此，本教程将介绍如何安装和更新与 atkpython 使用的 pymatgen 包。

注意

安装和更新 pymatgen 需要系统上有一个工作的 c 编译器。原则上使用不同于编译 atkpython 的编译器应该没有问题，尽管它不能保证可以正常运行。

安装

可以使用 Python 的 easy install 机制安装 Pymatgen，这将确保能够处理所有的相关性： 

atkpython -measy_install pymatgen

然后将执行下载并安装 pymatgen。如果要在无法访问 Internet 的系统上进行安装，则可以直接从软件包安装： 

atkpython -measy_install PACKAGE_PATH

最新的安装可以从此处下载：https://pypi.python.org/pypi/pymatgen。

测试

要测试 pymatgen 的安装是否成功，可以运行 atkpython，然后在提示符下键入以下命令： 

>>> import pymatgen as mg
>>> si = mg.Element("Si")
>>> si.atomic_mass
28.0855
>>> si.melting_point
u'1687 K'

如果安装正确，则应显示硅的原子质量和熔点。

更新

由于 pymatgen 的快速发展，您可能某天想要将其升级到最新版本。从安装包中更新可以使用与安装相同的命令完成，而从 Internet 升级可以使用以下命令完成： 

python -measy_install -U pymatgen

重要

您应该在升级之前检查 pymatgen 的更改日志，以确保所有更改都与当前代码兼容，例如脚本和插件。

参考