ReaxFF-温度分布函数：计算沿着Cell某个轴向的温度分布函数

我们以简单分子动力学模拟为例，单纯演示如何生成沿着A、B、C晶轴方向的温度分布情况。

方法：在*.run文件中，通过Trajectory字段设置TProfileGridPoints实现，例如：

      TProfileGridPoints 40

• 该字段的位置：是MolecularDynamics的子字段，如果保存轨迹的频率修改了这个字段就会自动出现在*.run文件
• 40的含义：A、B、C三个方向，分别被均分为40个切片，温度曲线是这40个切片的温度。会得到三个温度分布函数，对应三个方向的温度分布。
• 温度的平均：每个切片的温度，是这个切片内所有原子，从上一帧到当前帧的时间范围内的平均温度。因此切片数不建议太多（以确保片内原子个数较多，具有统计平均的意义），保存轨迹的频率不宜高（默认100建议改为1000或2000甚至根据需要改到更大数值），否则都会导致温度曲线震荡会比较剧烈，失去统计意义。

由于温度曲线是从坐标原点开始生成数据，因此用户可以在模型创建完毕之后，Edit → Crystal → Map Atoms to [0..1]，从而将坐标原点放置于Cell的顶点，这样数据与模型能够完全对应。

保存作业后，修改*.run文件（记事本可以打开）如下，在Trajectory字段内增加了“TProfileGridPoints 40”的设置。如果没Trajectory字段，用户可以自行添加：

......省略
MolecularDynamics
    NSteps 10000
    Trajectory
        SamplingFreq 1000
        TProfileGridPoints 40
    End
    InitialVelocities
        Temperature 498
    End
    Thermostat
        Type NHC
        Temperature 498
        Tau 5
    End
End
System
    Atoms
......省略

SamplingFreq 1000是我们在图2中设置了保存轨迹的频率为每1000步保存一次轨迹。本例计算了1万步，因此有10帧轨迹（加上初始结构则为11帧）。

提交作业。

计算完毕后，SCM → Kf Browser → File → Expert Mode，在窗口底部输入TempProfile，以搜索相关信息：

可以看到MDhistory里面，有TempProfile_a(i)、TempProfile_b(i)、TempProfile_c(i)，对应ABC三个晶轴方向，i=1~11，代表从初始结构到最后一帧。

例如我们希望查看最后一帧B方向的温度分布曲线，将其左侧小三角点开，将产生的所有数据拷贝出去即可，即该方向的温度分布数值。

数据处理小技巧:

将所有数值复制到Word文档中，选中数据之间的间隔，用查找替换功能，将其替换为换行符^p，再将剩余的不规则字符替换为空字符（什么也没有），则变成了规则的一列数据。

如果需要做曲线，横坐标即晶格常数B分为40段。晶格常数可以在AMSinput → Model → Lattice下方看到：