用python统计ReaxFF轨迹中的分子个数、键、氢键、环的数目变化

Python脚本右键另存下载并解压 该脚本只能分析AMS2023.101-2023.103之间的版本的ReaxFF输出轨迹文件*.results/ams.rkf。

运行方式：

• AMSjobs窗口中，进入该作业所在文件夹 → Help → Command-line → 打开命令行窗口输入sh回车（如果是Linux，本身就有命令行，直接打开命令行即可）
• 该脚本下载到某作业所在文件夹，与作业的*.resutls/同级
• 在命令行输入：amspython MoleculesTable-nPlots.py test.results/ams.rkf回车。稍后将产生分子数列表窗口，可以关闭：

• 然后会弹出化学键数窗口，也可以关闭：

• 将生成：molecule_analysis.txt、molecule_analysis.pdf、bond_analysis.txt、bond_analysis.pdf四个文件。其中*.pdf文件是图，*.txt文件是曲线对应的数据，其中第一列为“帧”数，其他列为具体数据。

该脚本默认统计单、双、三键，如果需要统计芳香键，则修改脚本中：

    round_type = 'integer'       # round bond orders to nearest integer
    #round_type = 'half_integer' # round bond orders to nearest half integer

为

    #round_type = 'integer'       # round bond orders to nearest integer
    round_type = 'half_integer' # round bond orders to nearest half integer

1. 如果体系比较大，模拟的帧数很多，那么分析过程也会很长，有可能如下类似如下提示：这个提示可以忽略。
2. 如果数据量很大，那么在一张图里面体现所有的分子数量、键的数量，就不太可能了。可以修改脚本中nplots = 的值更大，这样将会在多张图中显示这些曲线，这个值即图的数量。
3. 最终会分别生成分子数量的*.txt文件与化学键数量的*.txt文件，用户也可以从这两个文件中的数据，自行作图。

2023.104以后的版本，在原先脚本功能的基础上增加了对环与氢键的统计。脚本右键另存下载并解压。在前面的版本基础上，增加了统计芳香环、氢键的功能。

ams.rkf文件可以是旧的，但是分析的时候，软件必须是最新的，因为python分析的时候，调用了一个库，2023.104及其之前的版本里面没有。

开关：

switch = {'Mol_analysis':True,'Bond_analysis':True,'Ring_analysis':True,'Hb_analysis':True}

Ture表示开关打开，False表示关闭。

氢键的种类需要自己定义一下：

donor_list = ['O']
acceptor_list = ['O']
d_hb_cutoff = 3.0
ang_hb_cutoff = 150.0

其中氢键表示为“D-H–A”，donor_list为“D”元素，acceptor_list为A元素，如果存在多种D、A可以在[]中列出，用逗号隔开，例如['O','N']。

运行过程中出现“No artists with labels found to put in legend. Note that artists whose label start with an underscore are ignored when legend() is called with no argument.”不用管它。