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以蒽为例计算Nucleus Independent Chemical Shifts(NICS)衡量环芳香性

1996年Schleyer提出芳香性、反芳香性的NICS判据,如果NICS为负值,则为芳香性,且负值越大,芳香性越大;反之为反芳香性。

参数设置

优化好的结构导入AMSinput,在希望计算NICS的位置上,添加Ghost原子,在本例中我们使用蒽分子(点击窗口底部★按钮,则分子尽量采用对称化的坐标,因此中心环的中心位置处于坐标原点,z轴垂直于分子平面)。分别在中心和外侧两个六元环中心添加一个虚原子:选中六元环的三个原子形成等边三角形(或干脆选中6个原子),然后菜单栏Atoms → Add dummy at center of selection,即在三个原子的中心位置添加了一个虚原子。然后修改两个虚原子的坐标值的z值,此处改为1.0:

虚原子即元素周期表的右下角的Xx原子。其中Gh(1)即Xx25是边沿六元环的虚原子,Gh(2)即Xx26是中心六元环的虚原子。

然后并依次设置参数如下图所示:

其中用户可以选择更精确的泛函,如M06-2X或r2SCAN-3c,基组一般推荐TZ2P。

在Properties—NMR菜单中将Ghost原子Xx选中,点击下图所示的“+”:

保存该文件后,运行该文件 参考:提交作业、设定任务核数

结果查看

在生成的logfile文件末尾我们可以看到我们需要计算的这个点的NMR屏蔽量(即Gh(1)、Gh(2)):

<Jun02-2023> <18:51:24>  >>>> ZSGP
<Jun02-2023> <18:51:34>  >>>> ZSGD
<Jun02-2023> <18:51:52>  NMR Shielding  Gh(1):           9.90 ppm
<Jun02-2023> <18:51:52>  >>>> ZSGP
<Jun02-2023> <18:52:02>  >>>> ZSGD
<Jun02-2023> <18:52:20>  NMR Shielding  Gh(2):          12.24 ppm
<Jun02-2023> <18:52:20>  NORMAL TERMINATION
<Jun02-2023> <18:52:20>  END
Job nics has finished

在out文件的末尾也可以看到类似更详细的内容,包括顺磁、逆磁、总和,这里不展开,感兴趣的,可以点击链接查看内容

NICS

Ghost可以被看作是一个中子,因此该点的NICS的值为该点的屏蔽各向同性值(也就是logfile中该点的NMR Shielding值)乘以-1,即边沿环 Gh(1)为-9.90 ppm、中心环为 -12.24 ppm,因此中心环芳香性更大。

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