分子动力学模拟的过程，实际上是对原子每一次发生微小位移，都重新计算受力情况，如果运动了很远都没有重新计算受力，那么动力学过程就严重失真了。
举一个粗暴的例子：比如一个H原子正面朝O原子运动，二者距离3埃，运动速度3埃/fs。如果步长设置为1fs，下一个fs的时候，OH原子就重叠在一起了——而这是严重违背事实的。因为在H逐渐靠近O的过程中，二者互相排斥的力就显著增大，甚至到无穷大，从而决定二者不可能重叠到一起。但是步长太大就引发了这样的问题，如果步长更大，比如2fs，H原子直接没有理会O原子，从它身上“穿”过去了，这就更荒谬了。当然MD并不会有“穿”的动作，而是头一个step在O的这边，下一个step在O的那边。这样的模拟，可以说完全作废了。
这种情况，要想结果合理，那么就要把步长剧烈降低，比如0.01fs，这样一个step原子只运动了0.03埃，这样O-H原子间的受力，每隔0.01fs就会更新一次，H原子就不可能与O重叠到一起，更不可能穿越过去。
温度越高，或能量越高，原子的运动速度就越高，热力学里面有具体的换算关系（温度正比于原子的动能）。
如果体系温度很高，或者存在Molecule Gun入射高能、高速原子，务必仔细测试步长，确保轨迹连续性。轨迹连续性可以定量评估，过程稍微复杂，但是简单的方法，就是肉眼观察：
做一个水在300K下，步长0.25fs，Sample Frequency为100的例子，观察每一帧原子的运动距离（当然不同的原子运动距离不一样，实际上有个大致的感觉就可以了），以此为标准。高温下，或者入射高能原子的情况下，某个步长下，Sample Frequency为100，观察每一帧原子的运动距离和标准例子差不多，那么这个步长就没有问题。
至于Sample Frequency，它不影响MD的合理性，只是如果需要做ChemTraYzer分析的话，轨迹必须连续，这就要求Sample Frequency不能太大。Sample Frequency越大轨迹连续性越差，Sample Frequency越小轨迹文件越巨大。
也许你感觉这样太模糊了。其实不然，因为步长不合理，往往是十倍、几十倍的区别，肉眼实际上很容易分辨出来。